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人类mtDNA拷贝数和异质性的核遗传控制,德国MB助力科研

2024/4/10 19:59:53发布7次查看
mtdna也叫做线粒体dna,是线粒体中的遗传物质,核酸相关的研究,对于实验环境、实验仪器的精确度都有一定的要求。
为保证pcr试验数据准确,pcr仪器应定期校正。pcr cycler check™是用于检测校正pcr仪的试剂盒。此试剂盒采用对温度敏感的pcr试剂来监测pcr仪温度变化。其中的引物序列经巧妙设计,能够对温控偏差、温度均一性、温度准确性和耗时极为敏感。温度偏差超过2℃,pcr的扩增反应即停止。模板浓度也经过预先设计,只在pcr反应高效时才进行扩增,这也反映了温控的准确性。此试剂盒常规pcr仪和荧光定量pcr(qpcr)仪均适用。
人类线粒体包含一个微小的、高拷贝数的环状基因组(线粒体dna (mtdna))。1981年对人类mtdna的测序显示,它编码氧化磷酸化系统的13个核心蛋白组分,以及2个核糖体rna和22个表达所需的转移rna。根据细胞类型的不同,组织中每个细胞可以包含数十到数千个mtdna拷贝。mtdna的变异可以通过母体遗传,也可以在体内产生,当它们与野生型分子共存时,就会导致一种称为异质性的状态。值得注意的是,超过99%的线粒体蛋白质组,包括mtdna维持、复制和转录所需的所有蛋白质,都是由核dna编码并输入到细胞器中。
mtdna缺陷与一系列人类疾病有关。自从发现致病性mtdna突变以来,已有数十例母体遗传综合征的报道。产生mtdna缺失或耗竭的孟德尔形式线粒体疾病后来被鉴定并定位到参与mtdna复制、维持和核苷酸平衡的核基因。长期以来,mtdna拷贝数(mtcn)更细微的下降和体细胞mtdna突变的积累都与衰老和与年龄相关的疾病有关。mtdna突变在许多癌症中积累,在一小部分癌症中甚至被认为是肿瘤发生的“驱动因素”。
异质性的动态是复杂的,被认为是由突变、漂变和选择形成的。据报道,mtdna的突变率比nucdna高10 - 100倍,其中包含三个高变区的非编码区(ncr)被认为是突变热点。高拷贝数、高替代率和缺乏重组使得mtdna ncr变体成为法医学和人类学中有价值的遗传工具,甚至导致了非洲线粒体“夏娃”假说。异质性可以在兄弟姐妹之间发生变化,这归因于种系瓶颈效应,也可以在细胞类型和组织之间发生变化,这被认为是由于随机分离和选择。人类异质性动力学的详细机制尚不清楚,尽管对小鼠的研究预测了核遗传学的作用。
近日,研究人员在uk biobank (ukb)和allofus (aou)中描述了跨越6个祖先群体的大约300,000个人的mtcn和异质性谱。
相关研究发表在《nature》上,文章标题为:“nuclear genetic control of mtdna copy number and heteroplasmy in humans”。
研究人员发现,血液mtcn随着年龄的增长而下降,受血细胞组成的影响,并受到许多核遗传位点的控制。然后,我们转向mtdna变异,发现192个人中约有1人携带10种已知致病性mtdna变异中的1种。我们描述了这个人群中mtdna变异的景观,发现几乎每个人都有异质mtdna变异。尽管异质mtdna单核苷酸变异(snv)往往起源于体细胞,并随着年龄的增长而积累,但研究发现,异质indels往往在数量上是母系遗传的,其相对水平受核遗传变异的影响。这些基因座提供了线粒体和核基因组遗传相互作用以维持mtdna稳态的机制的见解。
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